魔法科高校の劣等生 第3シーズンのあらすじ一覧
九島家が極秘裏に行っていた実験は、パラサイトを女性型戦闘ロボットに憑依させたパラサイドールの開発だった。だが、パラサイドールの運用実験が行なわれるスティープルチェース・クロスカントリーの会場警備は異常なまでに厳しく、達也ですら侵入できない。そこで達也はピクシーにパラサイトの監視を命じ、自分はエンジニアとしてCADの調整を行いながら、下級生への指導を行う。だが連日の激務と緊張の連続で、達也はこれまでにない疲れを感じていた。
九校戦の急な競技変更に対応するため、達也は他の生徒会役員と共に多忙な毎日を送っていた。そんなある日、達也の元に差出人不明のメールが届く。メールには、今回の種目変更が国防軍の圧力によるもの、そして九島家が国防軍の動きに乗じて、秘密裏に開発した兵器の性能試験をスティープルチェース・クロスカントリーで行おうとしていると記されていた。達也は九島家が行っている実験の内容を調べるため、九島家の本拠地である奈良へと向う。
全国の魔法科高校に、九校戦の種目を一部変更するという通知が送られてくる。変更があったのは6種目中の3種目で、実に半分もの競技が変更になるという。急な種目変更に対応するため、第一高校の生徒会はルールの把握や選手の再選考、CADの再調整などに追われることに。九校戦開始1カ月前という急なタイミングの変更に、誰もが大会運営に対する不満をこぼす中、達也は新しく追加された競技がどれも軍事色が強いことに疑念を抱いていた。
恒星炉の実験は見事成功し、ニュースでも大々的に報道される。だが父親から神田議員の件は七草家が対処すると聞かされていた七宝は、七草家が達也を利用して自分たちの功績にしたと思い込み、通り掛かった香澄にうっぷんをたたきつけてしまう。香澄も自分の家に対する侮辱を看過できず、二人は魔法を使った戦闘準備に入る。だが、その現場を風紀委員に発見され、拘束される。この二人の遺恨をなくすため、達也は試合で勝敗をつけることを提案する。
反魔法主義者の神田議員が、マスコミを引き連れて第一高校を視察に訪れるという情報が入る。少しでも軍事に関係することがあれば、マスコミに針小棒大に騒ぎ立てさせ、魔法科高校が軍事教育の場と化していると主張するつもりだという。そこで達也は生徒たちで、常駐型重力制御魔法式熱核融合炉“恒星炉”の実験を行うことを提案する。第一高校の魔法教育が、魔法によってエネルギー問題を解消し、人類の平和に貢献していることを主張しようとする。
入学式が終わり、今年も各クラブによる新入生への勧誘活動が始まる。新入生を巡ってにらみ合いを始めたロボ研とバイク部の間に、風紀委員の香澄と、部活連執行部の七宝が仲裁に入る。だが、どちらが主導権を握るかで言い争いを始め、ついに一触即発の事態に陥ってしまう。一方、七草家の当主である弘一は、USNAの人間主義者がマスコミ工作を始めたことを利用し、四葉家の力をそごうと画策していた。
2096年4月を迎え、二年生に進級した達也の身の回りにはいろいろな変化があった。達也と美月は新設された魔法工学科に転科。幹比古は二科から一科へと転科した。また達也と深雪は四葉本家から使用人として遣わされた水波と同居することになり、3人での生活が始まる。今年こそ平穏な学生生活を、と願って登校する達也だが、新入生は七草家の双子である香澄・泉美と、新入生総代で七草家に対抗意識を持つ七宝琢磨と、一癖も二癖もある顔ぶればかりだった。
